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「輔導未登記工廠合法經營」為經濟部之政策方向，99年6月2日總統公布施行的工廠管理輔導法修正案，其中增訂第34條放寬補辦工廠登記權宜條款，明訂未登記工廠業者於本法修正施行2年內可補辦臨時工廠登記，補辦通過廠商給予5年輔導期，期間免除區域計畫法、都市計畫法及建築法相關處罰規定，讓未登記工廠有機會藉由政府輔導補辦登記機制，邁向合法經營之路。相關補辦登記介紹概述如下：

一、於法有據儘速補辦

1. 經濟部修正「工廠管理輔導法」（下簡稱工輔法）  總統已於99.6.2公布施行，增訂第34條條文放寬未登記工廠在兩年內補辦臨時工廠登記，輔導合法經營。
2. 97.3.14前已存在的低污染未登記工廠，至遲應在104.6.2前向所在的縣市政府工業單位提出補辦申請，審查符合環保、消防、水利、水保等規定並繳交回饋金後，准予臨時工廠登記。

二、補辦登記好處多多

1. 早登記早享受
   愈早完成補辦，即日起免依工輔法第30條科罰，並排除土地及建管法令限制，不擔心被檢舉，安心經營。
2. 適用申請外勞等優惠輔導
   補登工廠輔導期間適用申請外勞及經濟部相關輔導優惠措施。
3. 不會優先查緝或通報稅捐單位
   未登工廠座落資訊地方政府已有初步掌握，提出申請的業者政府將納入輔導，不會列入優先查緝或通報稅捐單位。

三、程序簡化成本合理

1. 二階段審查避免無謂投資
   考量廠商投資成本，補登案件採二階段審查：第一階段（書面審查）通過者，方進入第二階段消防、環保設施之實質審查。
2. 兼顧公眾安全簡化申請程序
   考量公眾安全，既有建築應改善符合「消防安全設備設置標準」，並由地方消防機關檢查合格，簡化原先之圖說審查程序。
3. 環保必要設施，維護周遭環境                               
   無論合法工廠或補登工廠，環保單位均一視同仁依法稽查。環保設施屬必要成本，並非額外支出。
4. 繳交回饋金數額合理                                            
   補辦登記依法須繳交之回饋金，依工廠廠地面積，最低新台幣2萬元，最高不超過10萬元。

四、補辦登記才有未來

1. 沒有五年就沒有十年
   未登工廠需於5年內（104.6.2前）完成申請補登，否則未來10年內不適用專案輔導。
2. 補辦登記＋特定地區→丁種建築用地
   完成補登且其廠地經劃入「特定地區」的工廠，經濟部正協調內政部研修法規，爭取將廠地變為丁種建築用地，協助永續經營。